蒲慕明有一个流传甚广的比喻，他把科学家分成三类：探险家、导游和游客。
探险家做的是“从0到1”的工作——披荆斩棘，发现前人从未到过的新领域；导游是战略科学家，带领领域找到方向；游客则是在已开辟的领域中做增量式的发现。
蒲慕明院士在展示全脑介观神经联接图谱 摄影：陶磊
“我们目前最需要培育的是探险家，他们也将成为未来的导游。”蒲慕明话锋一转，说道，“我们太强调顶刊杂志，这是一个非常不好的偏见。真正有开创性的工作，很多发表在二流杂志上——因为原始创新要打破现有的范式，而审稿者恰恰是现有范式的守护者。”
他把现在绝大多数科研院所使用的、只重顶刊论文数量的评审制度比作孙悟空头上的“紧箍咒”，“压着我们的青年科学家，使他不能创新，不敢去做创新的困难的问题。”他举了一个例子：洛克菲勒大学的麦金农，年轻时立志要解出钾离子通道的三维结构。他把自己关在实验室里，三五年没有出成果，没有发论文，整天就是配各种溶液、去找能产生离子通道晶体的条件。麦金农最终做成了，并摘得了诺贝尔奖。
“现在中国科学界大都做的是‘从1到10’的增量研究，既不是‘从0到1’的原创突破，也不具备‘从1到100’的应用价值，但这类工作容易发表论文。”他说。
2025年，上海科技节开幕式上，蒲慕明走上红毯 摄影：陶磊
他还发明了另一个比喻：钓鱼。在他看来，只顾“钓鱼之乐”——所谓“满足自己好奇心”的科学家，和“要钓大鱼”的科学家，有本质的差别，“若你做科研的初心是要在科学前沿或转化应用作出重大贡献，那么就需要到深海去钓大鱼，而不是在风平浪静的浅海钓些小鱼，享受钓鱼之乐。”
“我们社会需要的厦门恒指期货配资，不是只顾‘钓鱼之乐’的科学家，而是‘要钓大鱼’的科学家。”
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